Effetto della stagionalità su microbioma e antibiotico resistenza nel latte crudo

Il latte crudo rappresenta un indicatore dello stato igienico-sanitario dell’allevamento bovino, riflettendo le condizioni sanitarie degli animali, pratiche di mungitura, igiene delle attrezzature e gestione della refrigerazione. In questa tesi è stato valutato l’effetto della stagionalità sulla composizione microbica e sul resistoma di 66 campioni di latte crudo prelevati in inverno, primavera, estate e autunno. I campioni sono stati sottoposti a estrazione del DNA totale e sequenziamento shotgun in modalità short-read paired-end. Sulle sequenze ottenute si è controllata la qualità e si è rimosso DNA contaminante umano e bovino, quindi analizzate tramite Kraken2 per la tassonomia e ARGs-OAP per i geni di antibiotico-resistenza. Sono poi state calcolate metriche di alpha e beta diversity e applicati test non parametrici di Kruskal–Wallis e Dunn post-hoc (p<0.05) alle abundance relative di phylum, famiglia, genere e ai 20 ARGs più rappresentati. L’approccio utilizzato ha dimostrato che la stagionalità influenza circa il 10% della diversità microbica. L’inverno mostra valori inferiori di alpha diversity, suggerendo una ridotta complessità microbica in condizioni termiche sfavorevoli; la beta diversity evidenzia inoltre maggiore omogeneità tra i campioni invernali rispetto alle altre stagioni. L’analisi delle abundance ha rilevato incrementi significativi per Actinoalloteichus in inverno, Corynebacterium in primavera, Staphylococcus in primavera e Pseudomonas in autunno, quest’ultimo rilevante per il suo ruolo nel deterioramento del latte. L’analisi del resistoma mostra pattern coerenti con i risultati di abundance: tet(W), gene di resistenza alle tetracicline tipico dei Gram+, presenta abundance superiore in estate, in linea con la maggiore presenza dei Bacillota; analogamente l’abundance del gene mprF, resistente alle defensine, è in linea alla maggiore abundance di Streptococcus agalactiae, specie nota per ceppi beta emolitici.