DS4H Image Alignment tool: algoritmi per allineamento automatico con ridimensionamento di immagini multimodali

Nell’Oncologia, lo studio del cancro inizia spesso con l’analisi di campioni istologici, cioè, campioni di tessuto prelevati dal paziente. Utilizzando marcatori specifici, ovvero coloranti selettivi per evidenziare particolari caratteristiche, si visualizzano sezioni specifiche del campione per ottenere informazioni dettagliate sullo stato di salute del paziente. Purtroppo, i marcatori non possono essere applicati tutti insieme e spesso vengono utilizzati dopo una fase di “lavaggio” del campione. Per condurre studi di colocalizzazione, è necessario allineare le immagini ottenute, simulando così l’acquisizione parallela dei diversi segnali. Tuttavia, nel campo medico non esiste una procedura standard per l’allineamento delle immagini, e l’allineamento manuale richiederebbe troppo tempo e sarebbe soggetto a errori. L’utilizzo di un software con algoritmi manuali e automatici potrebbe rendere il processo più semplice e affidabile. Per rispondere a questa necessità, nel corso degli anni sono stati sviluppati progetti di ricerca che hanno portato alla creazione del tool DS4H Image Alignment, un plug-in open-source e user-friendly per ImageJ/Fiji, che permette di allineare immagini multimodali attraverso un’interfaccia grafica intuitiva. In questa Tesi, il progetto è partito dalle implementazioni precedenti del tool per risolvere un problema legato alla gestione del cambio di scala. Infatti, può accadere che le immagini da allineare siano acquisite con risoluzioni diverse, rendendo necessario un allineamento tramite algoritmi che gestiscano il ridimensionamento delle immagini. Il progetto include anche due nuove funzionalità di salvataggio: mosaic e composite. La prima unisce le immagini in un’unica mantenendo le loro posizioni, mentre la seconda le combina colorandole in diversi colori per ottenere un’immagine finale RGB.