Algoritmi di meshing per le superfici molecolari

Avere un'accurata rappresentazione della superficie di una molecola permette di comprenderne la natura e la funzione. In computer graphics, una superficie può essere descritta esplicitamente attraverso una mesh, una rete di vertici collegati in modo da formare facce poligonali, solitamente triangolari. Questa rappresentazione delle superfici è facile da visualizzare e manipolare per l'utilizzo in diverse applicazioni biotecnologiche. La scoperta e il design di farmaci sono sicuramente tra le applicazioni più importanti in cui è fondamentale conoscere la forma delle molecole, in quanto la complementarietà tra le superfici è direttamente collegata alla forza e all'orientamento con cui due molecole possono legarsi. In questa tesi viene analizzato il funzionamento degli algoritmi per la produzione di mesh molecolari e viene proposta AlgoMole, una libreria C++ per lo sviluppo e l'analisi di questi algoritmi. Questa libreria permette di espandere e personalizzare facilmente algoritmi già noti oppure implementarne di nuovi, mettendo a disposizione un semplice meccanismo di configurazione di ogni fase del processo di meshing. Il codice sorgente di AlgoMole, fornito di esempi e documentazione, è disponibile all'indirizzo https://github.com/rob-lepore/algomole