DS4H Image Alignment tool: code restructuring seguendo modello MVC con ottimizzazione allineamento semiautomatico attraverso modulo gestione smart corners e rendering immagini per analisi di big-data

Spesso, negli studi oncologici, si parte dall'analisi di campioni istologici, ossia di piccoli frammenti di tessuto prelevati dal paziente. Attraverso l'uso di coloranti selettivi chiamati marcatori, si analizzano specifiche porzioni del campione. Talvolta, per ottenere più informazioni, si utilizzano diversi marcatori. Tuttavia, non sempre è possibile applicarli contemporaneamente e spesso vengono utilizzati in sequenza dopo aver effettuato un lavaggio del campione. Le immagini ottenute devono quindi essere allineate in modo da poter procedere in studi di colocalizzazione a livello di singola cellula, simulando una raccolta simultanea dei vari segnali intracdllulari. Tuttavia, non esiste una procedura standard per allineare queste immagini. L'allineamento manuale è un processo lungo e soggetto a possibili errori. L'utilizzo di un software potrebbe rendere l'intero processo più rapido e affidabile. In particolare, DS4H Image Alignment è un plug-in open source sviluppato per ImageJ/Fiji che permette di allineare immagini multimodali a tonalità di grigio. La prima versione del software offriva una semplice modalità "Manuale", che consentiva di allineare manualmente più immagini specificando dei punti di riferimento comuni. Recentemente abbiamo aggiunto una modalità "Automatica" che permette l'allineamento delle immagini attraverso un processo automatizzato di individuazione dei punti comuni. In questo lavoro, abbiamo (a) migliorato l'intera procedura di registrazione, definendo "angoli intelligenti" per convertire lo strumento in un software di facile utilizzo progettato per gli scienziati della vita, e (b) incluso diversi moduli per ottenere una modalità di registrazione semi-automatica che dia sempre un'opportunità per correggere rapidamente disallineamenti disallineati e immagini che registrano sempre correttamente l'immagine in ingresso.