Simulazioni atomiche di canali ionici del potassio: limiti del Force Field AMBER nelle stime di conduttanza

Straccialano, Raffaela (2020) Simulazioni atomiche di canali ionici del potassio: limiti del Force Field AMBER nelle stime di conduttanza. [Laurea magistrale], Università di Bologna, Corso di Studio in Ingegneria biomedica [LM-DM270] - Cesena, Documento ad accesso riservato.
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Abstract

Le simulazioni atomiche dei canali ionici del K+ mettono in evidenza una significativa inaccuratezza: i valori di conduttanza del canale stimati sono molto distanti dai valori sperimentali. Per tentare di migliorare le simulazioni e i loro risultati, è necessario modificare il modello di Force Field impiegato. Si è scelto di adottare il modello di Force Field AMBER, uno dei più utilizzati per simulazioni di molecole biologiche in dinamica molecolare, e di agire sui valori dei parametri di Lennard-Jones cercando un set di valori che permetta di minimizzare la distanza tra la conduttanza stimata e la conduttanza sperimentale delle soluzioni saline. L’analisi ha dimostrato che non è possibile riprodurre in modo quantitativo i valori sperimentali di conduttanza di soluzioni saline di Na+ e K+ in simulazioni atomiche basate su un modello di Force Field additivo.

Abstract
Tipologia del documento
Tesi di laurea (Laurea magistrale)
Autore della tesi
Straccialano, Raffaela
Relatore della tesi
Correlatore della tesi
Scuola
Corso di studio
Ordinamento Cds
DM270
Parole chiave
canali ionici potassio,parametri Lennard-Jones,conduttanza ionica
Data di discussione della Tesi
12 Marzo 2020
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