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Abstract
In questo studio si è applicata la metagenomica shotgun per valutare le popolazioni microbiche ed i geni presenti su carcasse di polli da carne. Le carcasse sono state ottenute da animali alimentati con una dieta di controllo, una dieta addizionata con 1500 unità di fitasi/kg di mangime ed una dieta con fitasi e 3 g/kg di inositolo. I metagenomi ottenuti hanno mostrato un numero medio di reads pari a 6816563, associate sia a geni per la classificazione tassonomica che a geni funzionali. La classe dei Gammaproteobacteria, principalmente rappresentata da Moraxellaceae, Enterobacteriaceae e Aeromonadaceae, è risultata la più abbondante in tutti i gruppi testati. La famiglia delle Moraxelaceae è risultata significativamente più elevata nel controllo rispetto ai gruppi trattati con fitasi. All’interno di questa famiglia, la specie Enhydrobacter aerosaccus è risultata significativamente più elevata nei gruppi trattati rispetto al controllo. Al contrario, Acinetobacter baumannii, Acinetobacter lwoffii e Acinetobacter calcoaceticus sono risultate significativamente inferiori nelle carcasse ottenute da polli alimentati con fitasi rispetto al gruppo di controllo. In relazione alla famiglia delle Enterobatteriacea, Salmonella enterica è risultata significativamente maggiore nei gruppi trattati con fitasi rispetto al controllo, mentre Enterobacter cloacae e Klebsiella oxytoca sono diminuite significativamente nei gruppi trattati. Nella famiglia delle Aeromonadaceae le specie Aeromonas hydrophila e Aeromonas salmonicida sono aumentate significativamente nei gruppi trattati con fitasi. In relazione all’analisi dei geni funzionali, effettuata con MG-RAST, si sono evidenziate differenze significative tra le carcasse analizzate con particolare riferimento ad alcuni geni associati a trasporto e metabolismo lipidico con abundance significativamente inferiore nei gruppi trattati rispetto al gruppo di controllo.
Abstract
In questo studio si è applicata la metagenomica shotgun per valutare le popolazioni microbiche ed i geni presenti su carcasse di polli da carne. Le carcasse sono state ottenute da animali alimentati con una dieta di controllo, una dieta addizionata con 1500 unità di fitasi/kg di mangime ed una dieta con fitasi e 3 g/kg di inositolo. I metagenomi ottenuti hanno mostrato un numero medio di reads pari a 6816563, associate sia a geni per la classificazione tassonomica che a geni funzionali. La classe dei Gammaproteobacteria, principalmente rappresentata da Moraxellaceae, Enterobacteriaceae e Aeromonadaceae, è risultata la più abbondante in tutti i gruppi testati. La famiglia delle Moraxelaceae è risultata significativamente più elevata nel controllo rispetto ai gruppi trattati con fitasi. All’interno di questa famiglia, la specie Enhydrobacter aerosaccus è risultata significativamente più elevata nei gruppi trattati rispetto al controllo. Al contrario, Acinetobacter baumannii, Acinetobacter lwoffii e Acinetobacter calcoaceticus sono risultate significativamente inferiori nelle carcasse ottenute da polli alimentati con fitasi rispetto al gruppo di controllo. In relazione alla famiglia delle Enterobatteriacea, Salmonella enterica è risultata significativamente maggiore nei gruppi trattati con fitasi rispetto al controllo, mentre Enterobacter cloacae e Klebsiella oxytoca sono diminuite significativamente nei gruppi trattati. Nella famiglia delle Aeromonadaceae le specie Aeromonas hydrophila e Aeromonas salmonicida sono aumentate significativamente nei gruppi trattati con fitasi. In relazione all’analisi dei geni funzionali, effettuata con MG-RAST, si sono evidenziate differenze significative tra le carcasse analizzate con particolare riferimento ad alcuni geni associati a trasporto e metabolismo lipidico con abundance significativamente inferiore nei gruppi trattati rispetto al gruppo di controllo.
Tipologia del documento
Tesi di laurea
(Laurea magistrale)
Autore della tesi
Mazzini, Simone
Relatore della tesi
Correlatore della tesi
Scuola
Corso di studio
Ordinamento Cds
DM270
Parole chiave
Metagenomics; Sequencing, DNA; Illumina; NGS; Broiler; Microbiota
Data di discussione della Tesi
12 Dicembre 2017
URI
Altri metadati
Tipologia del documento
Tesi di laurea
(NON SPECIFICATO)
Autore della tesi
Mazzini, Simone
Relatore della tesi
Correlatore della tesi
Scuola
Corso di studio
Ordinamento Cds
DM270
Parole chiave
Metagenomics; Sequencing, DNA; Illumina; NGS; Broiler; Microbiota
Data di discussione della Tesi
12 Dicembre 2017
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