Iorio, Matteo
(2023)
DS4H Image Alignment tool: algoritmi per allineamento automatico con estensione dei tool competitor e possibilità di correzioni elastiche includendo gestione ottimizzata di immagini multicanale.
[Laurea], Università di Bologna, Corso di Studio in
Ingegneria e scienze informatiche [L-DM270] - Cesena
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Abstract
Molti degli studi sul cancro iniziano con l'analisi di campioni istologici, cioè campioni di tessuto prelevati dal paziente. Attraverso l'uso di marcatori specifici, ovvero coloranti selettivi applicati alla sezione da analizzare, vengono studiate parti specifiche del campione ed ottenute più informazioni dal campione stesso. Tuttavia, questi marcatori non possono sempre essere applicati contemporaneamente e spesso vengono utilizzati in sequenza dopo un lavaggio del campione. Per poter condurre studi di colocalizzazione, le immagini ottenute devono quindi essere allineate simulando l'acquisizione parallela dei diversi segnali. Purtroppo, non esiste una procedura standard per l'allineamento di queste immagini e l'allineamento manuale richiede tempo ed è soggetto a possibili errori. L'utilizzo di un software potrebbe rendere il processo più rapido e affidabile. In particolare, DS4H Image Alignment è un plug-in open-source, user-friendly implementato per ImageJ/Fiji che permette di allineare immagini multimodali con una richiesta di minima iterazione da parte dell’utente.
Abstract
Molti degli studi sul cancro iniziano con l'analisi di campioni istologici, cioè campioni di tessuto prelevati dal paziente. Attraverso l'uso di marcatori specifici, ovvero coloranti selettivi applicati alla sezione da analizzare, vengono studiate parti specifiche del campione ed ottenute più informazioni dal campione stesso. Tuttavia, questi marcatori non possono sempre essere applicati contemporaneamente e spesso vengono utilizzati in sequenza dopo un lavaggio del campione. Per poter condurre studi di colocalizzazione, le immagini ottenute devono quindi essere allineate simulando l'acquisizione parallela dei diversi segnali. Purtroppo, non esiste una procedura standard per l'allineamento di queste immagini e l'allineamento manuale richiede tempo ed è soggetto a possibili errori. L'utilizzo di un software potrebbe rendere il processo più rapido e affidabile. In particolare, DS4H Image Alignment è un plug-in open-source, user-friendly implementato per ImageJ/Fiji che permette di allineare immagini multimodali con una richiesta di minima iterazione da parte dell’utente.
Tipologia del documento
Tesi di laurea
(Laurea)
Autore della tesi
Iorio, Matteo
Relatore della tesi
Correlatore della tesi
Scuola
Corso di studio
Ordinamento Cds
DM270
Parole chiave
istologia,microscopia,Allineamento multimodale,registrazione automatica,open-source tool
Data di discussione della Tesi
20 Luglio 2023
URI
Altri metadati
Tipologia del documento
Tesi di laurea
(NON SPECIFICATO)
Autore della tesi
Iorio, Matteo
Relatore della tesi
Correlatore della tesi
Scuola
Corso di studio
Ordinamento Cds
DM270
Parole chiave
istologia,microscopia,Allineamento multimodale,registrazione automatica,open-source tool
Data di discussione della Tesi
20 Luglio 2023
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