Studio del profilo microbico e di geni funzionali in carcasse di broiler mediante analisi metagenomica shotgun

In questo studio si è applicata la metagenomica shotgun per valutare le popolazioni microbiche ed i geni presenti su carcasse di polli da carne. Le carcasse sono state ottenute da animali alimentati con una dieta di controllo, una dieta addizionata con 1500 unità di fitasi/kg di mangime ed una dieta con fitasi e 3 g/kg di inositolo. I metagenomi ottenuti hanno mostrato un numero medio di reads pari a 6816563, associate sia a geni per la classificazione tassonomica che a geni funzionali. La classe dei Gammaproteobacteria, principalmente rappresentata da Moraxellaceae, Enterobacteriaceae e Aeromonadaceae, è risultata la più abbondante in tutti i gruppi testati. La famiglia delle Moraxelaceae è risultata significativamente più elevata nel controllo rispetto ai gruppi trattati con fitasi. All’interno di questa famiglia, la specie Enhydrobacter aerosaccus è risultata significativamente più elevata nei gruppi trattati rispetto al controllo. Al contrario, Acinetobacter baumannii, Acinetobacter lwoffii e Acinetobacter calcoaceticus sono risultate significativamente inferiori nelle carcasse ottenute da polli alimentati con fitasi rispetto al gruppo di controllo. In relazione alla famiglia delle Enterobatteriacea, Salmonella enterica è risultata significativamente maggiore nei gruppi trattati con fitasi rispetto al controllo, mentre Enterobacter cloacae e Klebsiella oxytoca sono diminuite significativamente nei gruppi trattati. Nella famiglia delle Aeromonadaceae le specie Aeromonas hydrophila e Aeromonas salmonicida sono aumentate significativamente nei gruppi trattati con fitasi. In relazione all’analisi dei geni funzionali, effettuata con MG-RAST, si sono evidenziate differenze significative tra le carcasse analizzate con particolare riferimento ad alcuni geni associati a trasporto e metabolismo lipidico con abundance significativamente inferiore nei gruppi trattati rispetto al gruppo di controllo.