Sequenziamento genomico e valutazione del carattere di antibiotico-resistenza di ceppi di E.coli isolati da carcasse di pollo da carne

Le tossinfezioni alimentari causate dal consumo di alimenti di origine animale sono un fenomeno piuttosto diffuso tra i quali la carne di pollo è una delle principali fonti, in quanto presenta diverse contaminazioni con potenziale zoonotico. Infatti, il pollame può presentare diverse malattie infettive di origine batterica che sono in grado di provocare patologie anche a carattere setticemico. È il caso delle infezioni da Escherichia coli: un microrganismo Gram-negativo normalmente presente nell’intestino degli animali e dell’uomo. In tali casi il trattamento farmacologico risulta indispensabile ma purtroppo questo approccio è frequentemente associato alla crescente capacità di acquisizione, da parte del microrganismo, di determinati genetici di resistenza antibiotica portando conseguentemente al fallimento delle terapie. Questo fenomeno in continuo aumento provoca una crescente preoccupazione delle autorità sanitarie in tutto il mondo tanto da consigliare il divieto di utilizzo degli antibiotici negli allevamenti animali. Nel presente studio, isolati di E. coli raccolti da due aziende di broiler allevati senza l’impiego di antibiotici sono stati analizzati al fine di comparare la suscettibilità antimicrobica a quattordici antibiotici (fenotipo di resistenza) con il genotipo di resistenza ottenuto mediante sequenziamento dell’intero genoma, che ha permesso di identificare i determinanti genetici di antibiotico-resistenza e virulenza. Lo studio ha messo in evidenza come il WGS sia in grado di predire il fenotipo di resistenza ma non quello di suscettibilità. L’analisi del viruloma ha indicato la presenza di geni interessanti per la valutazione della patogenicità degli isolati. La caratterizzazione genetica ha messo in luce una certa diversità tra gli isolati intra ed inter-allevamento tranne per alcuni campioni. Infine, l’analisi MLST ha confermato precedenti evidenze scientifiche riguardo ad alcuni ST-tipo indicati come resistenti ad antibiotici beta-lattamici.