Modelli simulativi di nodi con applicazione alla struttura 3D delle proteine

Nel presente studio si è sviluppato un programma in grado di simulare la dinamica di un filamento aperto, per verificare la presenza di nodi al suo interno. Per comprenderlo si è partiti dalla definizione matematica di nodo, riferita a varietà chiuse, e la si è ricondotta a varietà con estremi, oggetto delle simulazioni. Si sono testate le potenzialità e i limiti di questo metodi di simulazione attraverso l'impiego di toy-model, utilizzando il programma per ricercare la presenza di nodi nei sistemi simulati. Inoltre, come applicazione su dati reali si è voluto testare la simulazione su un database di proteine. La simulazione sviluppata è in grado di riprodurre abbastanza fedelmente questi oggetti, pur operando alcune semplificazioni della loro struttura. Nel database le proteine erano divise in due classi in base alle modalità di folding, e abbiamo valutato la potenziale relazione tra le due classi e il numero di nodi presenti in esse.